宇部流ですが、アナログマンガ原稿の描き方講座です。

原稿用紙に下書きが済んだらペン入れです。（ペン入れの前に枠線を先に入れてしまいましょう）
丸ペンやＧペンなどのつけペンで、真っ黒の墨やインクでペン入れするのが基本です。
手軽な方法としては、ミリペンなどで描く方法があります。

ペンの入れをしていくコマの順番としては、左のコマから右のコマへとペン入れします。
右→左だと、こする可能性が出てくるからです。
が。
私は左→右の順番を守れたことがありません…。（爆）

あと、これは個人的な流れなのですが、私は人物にペンを入れてしまってから背景を入れていきます。
背景も同時にペン入れすることもアリだと思います。
好きな方法でペン入れしていってください。

丸ペンは細い線が描けるので重宝しますが、あまりに細い線は要注意です。細い線はかすれてしまって印刷に出ないことがあるからです。
今回は目、髪、小さな人物は丸ペンで、顔、大きな人物、服はGペンでペン入れしてあります。

薄墨を使いたい場合は、印刷所でアミカケ（別途料金が発生します）をしてもらうか、コピーしたものを貼りましょう。
ただし最近のコピー機は性能が上がったおかげでグレーが再現できるようになっており、コピーで再現できた薄いグレーが印刷では再現できないということもありますので、注意が必要です。
個人の技ですが、薄墨で描いた絵の上から薄いトーン（60線10％～20％ぐらい）を前面に貼ると、アミカケっぽい再現をすることができます。

マンガペンやパイロットのＨｉ－ＴＥＣ－Ｃなどでペン入れすることも可能ですが、消しゴムをかけた際にこすれたり、薄くなったりしないように注意しましょう。