宇部流ですが、アナログマンガ原稿の描き方講座です。

ネーム、絵コンテが済んだら下書きです。
下書きは鉛筆で原稿にそのまま描き込む方法、原稿の裏に描いてトレスする方法、別の紙に描いてそれをトレスする方法などがあります。
マンガの描き方などによくある方法は鉛筆で原稿にそのまま描き込む方法です。

トレス台を持っていない方はこの方法になります。
この場合はあまり硬い芯のものを使うと原稿に凹凸ができてしまうのと、消しゴムをかけるときに気をつけないと、原稿が汚れることに注意を払う必要があります。

私は消しゴムかけが激しく嫌いなので、別の紙に下書きを書いてそれを原稿用紙の裏に貼りつけて下書き完了としていました。
（それをトレスしてペン入れするのです）
この方法、下書きの手間が大幅に省けるし、やり直しも原稿用紙を替えるだけで済むのがいいのですが、原稿用紙が厚いと（135ｋｇの原稿用紙など）、下の線が見えにくいのと、紙がズレたりと、ペン入れ後、気がつかないうちにゆがんでたりすることがあります。
自分の好みにあった方法にしてみてください。